60 ورقة بحثية
تقدم هذه الورقة إطار عمل للتعلم العميق يجمع بين RFdiffusion لتوليد البنية وAlphaFold3 لفحص الأهداف غير المقصودة، والذي نجح في تصميم بروتينات مرتبطة بالحمض النووي (DNA) محددة التسلسل مع تحسن بنحو 100 ضعف في معدلات النجاح مقارنة بالطرق السابقة.
تحدد هذه الدراسة وتتحقق وظيفياً من وجود محفز جديد لـ RNA بوليميراز III من نوع 7SK في ذبابة فاكهة البحر الأبيض المتوسط (*Ceratitis capitata*)، مما يوفر أداة جديدة وحاسمة لتحرير الجينات بتقنية CRISPR/Cas9 متعددة الإرسال واستراتيجيات التحكم الوراثي المعززة ضد هذه الآفة الزراعية.
تُبلغ هذه الدراسة عن اكتشاف إنزيمات أمينوأسيل-tRNA متعامدة قادرة على دمج أحد عشر مونومرًا غير تقليديًا متنوعًا في البروتينات والماكروسايكل، وتُظهر أن تطوير tRNAs متعامدة يمكن أن يتغلب على التبعيات الشديدة لسياق التسلسل لتحقيق دمج عالي الكفاءة عبر جميع السياقات الجينية تقريبًا.
تقدم الورقة البحثية ADAR-Sense، وهي أداة ويب مفتوحة الوصول وقابلة للتخصيص من قبل المستخدم، تعمل على أتمتة تصميم مستشعرات الحمض النووي الريبي القائمة على ADAR وغير المتخصصة بالأنواع (sesRNAs) لتسهيل التدخلات التقنية الحيوية الدقيقة والمستهدفة للخلايا عبر مختلف التطبيقات البحثية والترجمية.
تحدد هذه الدراسة فئة جديدة من إنزيمات "أريلامين إن-أسيتيل ترانسفيرازاز" التي تحفز تكثيفاً أميدياً تقاربياً بين سلاسل البوليكيتيد، مما يؤسس نموذجاً جديداً للتخليق الحيوي التوليفي للبوليكيتيدات المعقدة المرتبطة بالأميد ويُمكّن من توليد علاجات متنوعة غير طبيعية.
تُحدد هذه الدراسة بشكل منهجي تدهور 103 إنزيمات غير متجانسة في بكتيريا *Synechocystis* sp. PCC 6803 باستخدام نهج مبتكر يعتمد على البروتين الفلوري الأخضر المنقسم (split-GFP) وتقنية التداخل الجيني (CRISPRi)، مما يكشف أن ما يقرب من نصف هذه البروتينات تتدهور بشكل ملحوظ، ويُظهر أن استبدال الإنزيمات بنظائرها غالباً ما يكون أكثر فعالية من تحسين العناصر الجينية لتعزيز التعبير في المصانع الخلوية للسيانوبكتيريا.
تقدم الورقة البحثية SIRIUS، وهو خوارزمية تحسين توافقي تستخدم البرمجة الخطية الصحيحة لتوليد تسلسلات DNA متباعدة إلى أقصى حد لبروتين معين مع الالتزام بقيود استخدام الكودونات الخاصة بالمضيف، مما يجعلها تتفوق على الأساليب الاستدلالية وطرق تعلم الآلة الحالية في تقليل التسلسلات الفرعية المشتركة لتعزيز استقرار السلالة الاصطناعية.
تقدم هذه الورقة سير عمل مؤتمت يدمج أدوات معالجة اللغات الطبيعية والنماذج اللغوية الكبيرة لبناء رسم بياني معرفي شامل لتفاعلات إشارات خلايا CAR T من أدبيات PubMed، مما يوفر مورداً مهيكلاً لتوجيه تصميم الجيل القادم من المستقبلات المستضدية الخيمرية.
تستخدم هذه الدراسة تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي لتحليل تفاعلات الربط الفردية داخل هياكل أوريغامي الحمض النووي (DNA origami) عالميًا، كاشفةً أن كفاءة الربط تعتمد مكانيًا على احتمالية إرساء إنزيم الربط عند الحواف مقابل المواقع الداخلية، وهو اتجاه يمكن إلغاؤه باستخدام المذيبات المشتركة مثل ثنائي ميثيل سلفوكسيد (DMSO)، مما يوفر رؤى بالغة الأهمية لتحسين استقرار الهياكل النانوية للحمض النووي للتطبيقات الواقعية.
تُطوّر هذه الورقة نموذجاً رياضياً متعدد المقاييس وتجري تحليلاً للحساسية العالمية على خلايا (synNotch-CAR T-cells) لتحديد أهداف هندسية رئيسية، مثل معدلات ارتباط اللجين وقوة المحفز، التي تتيح الضبط الديناميكي للنشاط العلاجي لعلاج السرطان.